În anul 1955 a început restaurarea bisericii de către Direcţia Monumentelor Istorice din Bucureşti, spre a-i reda aspectul arhitectonic şi pictural iniţial, ca în felul acesta să fie pusă în circuitul marilor valori istorice şi artistice din ţara noastră. Proiectarea restaurării a fost încredinţată arhitectului Ştefan Bals, iar supravegherea directă a lucrărilor a avut-o arhitectul Gheorghe Naumescu şi Părintele Arsenie. Cu acest prilej, s-a înlăturat toată tencuiala exterioară, păstrându-se doar câteva porţiuni în care sunt incizate inscripţii. În felul acesta, exteriorul şi-a redobândit forma iniţială, din piatră brută rostuită. Turla şi-a primit de asemenea aspectul iniţial, din cărămidă, ca şi cele şapte rânduri de sub cornişă. S-a facut consolidarea tuturor zidurilor exterioare şi ale turlei. Acoperişul din tablă a fost înlocuit cu alt acoperiş, din ţiglă-solzi smalţuită, de culoare verde închis. Tot atunci s-a tencuit naosul si altarul, pregatindu-se zidul pentru pictura în frescă (în vederea picturii s-a ridicat şi schela din lemn de brad). S-a pus o pardoseală nouă din travertin sau marmură de Banpotoc.
Între anii 1956-1958 s-au construit două case: una sus pe deal la circa 150 m de biserică şi alta la intrare în mănăstire. S-a introdus curentul electric. S-a lucrat intens şi pentru înfrumuseţarea incintei şi a zonei înconjuratoare. Cu puieţii de brazi dintr-o pepinieră a mănăstirii s-a consolidat dealul de lângă biserica - monument istoric, dinspre Nord, asigurându-se atât frumuseţea locului cât şi protecţia clădirii. Dealul respectiv a devenit cu timpul o pădure de pini cu un frumos efect decorativ.
După decretul 410 din 1959, timp de mai mulţi ani, în clădirile mănăstirii a fost un azil de bătrâni.
În 1976 s-a redeschis mănăstirea de maici. În continuare, maicile au fost preocupate în permanenţă de păstrarea patrimoniului cultural-artistic aflat la Prislop şi de înfrumuseţarea bisericii. În anul 1984 au fost montate în iconostas două icoane împărăteşti (1,00 x 0,50 m), lucrate şi donate de pictorul-protosinghel Arsenie Boca. Prima înfăţişează pe Mântuitorul Iisus Hristos în picioare, pe un fond auriu, binecuvântând cu dreapta şi ţinând în stânga o carte deschisă cu texte din Vechiul si Noul Testament, ambele pagini fiind ornamentate dupa cele mai caracteristice modele ale Tetraevangheliarelor din Ţara Românească, din veacul al XVII-lea. A doua icoană reprezintă pe Maica Domnului în picioare cu Pruncul Iisus în braţe; icoana este lucrată pe un fond auriu ornamentată în relief, în culorile erminiei, afară de broboada care este albă, spre o mai serafică expresie a chipului. În 1986 s-au montat alte icoane pe iconostas: Bunavestire pe uşile împărăteşti şi Sfinţii Arhangheli Mihail şi Gavriil pe uşile diaconeşti, lucrate de acelaşi pictor.
Unele maici şi surori continuă aici, la Prislop, vechiul meşteşug românesc al picturii de icoane pe sticlă, fie copiind scenele cunoscuţilor iconari de la Nicula, din Arpaş, din Cârtişoara sau din alte părţi, fie creând modele noi, într-o manieră proprie. Altele lucrează icoane pe lemn, pe pânză şi alte obiecte.
S-au făcut reparaţiile necesare la toate clădirile. În partea de apus a mănăstirii, spre „Casa Sfântului” s-a delimitat un teren pentru a servi ca cimitir, împrejmuit cu gard viu din brazi argintii şi tui aurii.
În 1985 a fost demolată vechea clădire de la intrarea în incinta mănăstirii. În locul ei s-a ridicat o clădire nouă cu etaj, în stil brâncovenesc, cu peste 15 chilii şi un frumos foişor, clădire concepută tot de către Părintele Arsenie după frumoasa construcţie brâncovenească de la Mănăstirea Hurezi, din judetul Vâlcea.
În 1987 s-a adus şi s-a montat cadrul sculptat al porţii de lemn de la intrare, în stil maramureşan, model realizat tot de Părintele Arsenie.
În 1991 s-a înfiinţat un Seminar Teologic Monahal „Sfânta Ecaterina”, cu o şcolarizare de cinci ani. În 1995, s-a început construirea unei clădiri noi cu săli de clasă, bibliotecă, sală de lectură şi meditaţie, pentru o mai bună desfaşurare a activităţii şcolare.
În 1998, s-a construit un arhondaric la poarta mănăstirii.
S-au scurs aproape 50 de ani de când Prislopul a redevenit mănăstire ortodoxă. Un timp relativ scurt în istoria ei de şase veacuri, totuşi cu fapte şi realizări vrednice de luat în seamă.
* Sfântul Nicodim, întemeietorul şi primul ctitor al mănăstirii, între anii 1399-1405;
* Domniţa Zamfira, a doua ctitoră a mănăstirii între anii 1560-1580, al cărei mormânt se află în pronaosul bisericii. Cu prilejul unor reparaţii din 1909, piatra funerară a fost ridicată pe peretele dintre naos si pronaos pentru a fi păstrată mai bine. În afară de această piatră funerară, scrisă în limba latină, în partea stângă a pronaosului se mai găsesc cinci pietre de dimensiuni diferite cu inscripţii în limba slavonă, care se presupune, că sunt tot de pe mormântul Domniţei Zamfira.
* Stareţul Ioan, pe vremea Domniţei Zamfira, care a şi înmormântat-o în 1580 în pronaosul bisericii Mănăstirii Prislop, ajuns mitropolitul Transilvaniei între anii 1585-1605; în anul 1600 a întâmpinat pe Mihai Viteazu cu prilejul intrării triumfale în Alba Iulia;
* Sfântul Ioan de la Prislop, vieţuitor şi nevoitor în secolele XV-XVI, a cărui peşteră săpată în stâncă, numită şi „Casa Sfântului”, este un loc de pelerinaj pentru credincioşi. Sfântul Ioan a fost canonizat de Biserica Ortodoxă Română în anul 1992 şi este prăznuit în fiecare an în ziua de 13 septembrie;
* Călugarul Efrem de la Prislop, care după incendierea bisericii, s-a refugiat în Ţara Românească şi a scris „Plângerea Sfintei Mănăstiri a Silvaşului din Eparhia Haţagului din Prislop”; tot el a tradus împreună cu fratele lui Mihail, cunoscuta lucrare a lui Dimitrie Cantemir „Divanul” sau „Gâlceava sufletului cu trupul”;
* Protosinghelul Arsenie Boca, al treilea ctitor al mănăstirii, care, în afară de rolul covârşitor pe care l-a avut prin înzestrarea harica a duhovniciei, a conceput şi a îndrumat toate lucrările de construcţie şi înfrumuseţare a Mănăstirii Prislop, între anii 1948-1988, unele dintre acestea fiind chiar înfăptuite personal. În perioada 1960-1988 a pictat biserica din satul Drăgănescu de lângă Bucureşti, icoanele de pe catapeteasma bisericii din Prislop şi a realizat aşezământul monahal din oraşul Sinaia, astăzi metohul Mănăstirii Prislop. S-a săvârşit din viaţa la 28 noiembrie 1989 şi este înmormântat în cimitirul Mănăstirii Prislop.
* Maica stavrofora Zamfira Constantinescu, cea dintâi stareţă a Sfintei Mănăstiri a Prislopului, între anii 1950-1959.
Pe lângă cele două hramuri ale Mănăstirii Prislop: 8 mai – Sfântul Ioan Evanghelistul şi 14 septembrie – Ziua Crucii, se mai prăznuiesc şi următoarele zile: 26 decembrie – Sfântul Nicodim, 13 septembrie – Sfântul Ioan de la Prislop, 28 noiembrie – pomenirea Părintelui Arsenie şi 13 martie – pomenirea Măicuţei Zamfira.
După două veacuri de înstrăinare şi de absenţă aproape totală a vieţii monahale, maicile de la Mănăstirea Prislop, sub îndrumarea duhovnicească şi artistică a Părintelui Arsenie, au izbutit să ridice prestigiul ei sub raport duhovnicesc, artistic, gospodăresc, încât azi ea se prezintă ca un asezământ monahal cu o viaţă duhovnicească aleasă, dar şi cu un valoros monument de artă medievală, care atrage mulţimi de credincioşi şi turişti din ţară şi de peste hotare.